Центральный комитет Коммунистической партии Казахстана и Совет Министров Казахской Советской Социалистической республики приняли соответствующее постановление 21 сентября 1963 года (№ 701) об организации Алма-Атинского государственного института усовершенствования врачей (далее АГИУВ).
За 10 первых лет в институте прошли подготовку 18064 врача. Больше всего курсантов было у кафедры фтизиатрии (с курсами костно-суставного, детского туберкулеза и фтизиохирургии), педиатрия с курсом детской невропатологии, социальной гигиены и организации здравоохранения.
На базе факультета теоретических дисциплин был сформирован факультет общественного здравоохранения.
КазМУНО имеет 58 патентов, 166 свидетельств о рационализаторских предложениях, подтверждено 6 изобретений.
Преподаватели университета повышают свою квалификацию в странах Прибалтики, России, Германии, Израиле, Китае, Австрии и др. стран.
С 16 мая 2014 года Постановлением Правительства Республики Казахстан № 501, АГИУВ был преобразован в АО «Казахский медицинский университет непрерывного образования» (КазМУНО).