Костанайский сельскохозяйственный колледж организован в годы Великой Отечественной войны, в 1943 году в городе Костанае, на базе межколхозной школы бригадиров–полеводов и животноводов. Тогда существовало два отделения: агрономическое и зоотехническое, которые в 1997 г. были объединены в фермерское. В 1946 г. открыто ветеринарное отделение

За время существования техникума подготовлено свыше 20 тыс. специалистов, свыше 30% специалистов и руководителей сельскохозяйственного производства являются выпускниками техникума. Среди них доктора ветеринарных наук, профессора — Косилов И.А, Вибе П.П, Русалеев В.П

Акимом Костанайской области для выполнения постановления Правительства «о проведении оптимизации учреждений социальной сферы» было принято решение объединить Костанайский сельскохозяйственный колледж и профтехшколу №9 Костанайского района и создать на их базе Костанайский сельскохозяйственный колледж в п. Затобольск, в котором бывшее ПТШ №9 преобразовано в отделение рабочих профессий.
Приказом от 13 января 1999 года № 8 Департамента образования Костанайской области учреждение «Костанайский сельскохозяйственный колледж» реорганизовано в Государственное коммунальное казенное предприятие «Костанайский сельскохозяйственный колледж».