История университета ведет свое начало с 1939 года, когда в Кустанае был создан Кустанайский учительский институт. В 1955 году он был преобразован в педагогический институт. 6 августа 1992 года в соответствии с Постановлением Кабинета Министров Республики Казахстан на базе педагогического института был образован Кустанайский государственный университет.

Костанайский региональный университет имени А.Байтурсынова – это многопрофильный университет с богатыми традициями, многолетним опытом учебной и научной работы. 

Более 80 лет университет осуществляет подготовку кадров высокого уровня компетенции для инновационной экономики страны.

Костанайский региональный университет имени А.Байтурсынова — ведущее учреждение системы высшего образования Республики Казахстан, обеспечивающий внедрение инноваций и научных достижений в производство и другие сферы общественной жизни.

Университет в числе первых подписал в г.Болонье Великую Хартию Университетов, что позволило заявить о себе на международном уровне как об одном из наиболее прогрессивных вузов.

Университет стал одним из 10 прорывных вузов страны для целевой  подготовки кадров в рамках реализация программы ГПИИР-2.

В соответствии с Постановлением Правительства РК от 10 июня 2016 года № 344 на базе вуза, как регионального университета Северного Казахстана, создана военная кафедра, целью которой является подготовка на базе гражданского вуза офицеров запаса для Вооруженных Сил Республики Казахстан, а также военно-патриотическое воспитание молодежи и поднятие имиджа Вооруженных Сил страны.

Костанайский региональный университет имени А.Байтурсынова – лидер по количеству реализуемых проектов программы «Эразмус+» среди вузов Республики Казахстан. На текущий период нами реализуется 11 проектов программы, направленных на развитие партнёрства с зарубежными и казахстанскими университетами, модернизирующие методы и содержание обучения, создающих новые возможности профессионального развития.

Также важным достижением университета стало открытие первого в регионе диссертационного совета. Приказом председателя Комитета по контролю в сфере образования и науки Министерства образования и науки Республики Казахстан № 25 от 23 января 2020 года в Костанайском региональном университете им. А. Байтурсынова открыт Совет по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора философии (PhD) по образовательным программам «8D09101 – Ветеринарная медицина» и «8D09102 – Ветеринарная санитария».

По результатам национального рейтинга казахстанских вузов университет занимает лидирующие позиции по ряду образовательных программ. В тройку лидеров вошли такие образовательные программы, как Биотехнология, Биология, Аграрная техника и технология, Экология, Технология продовольственных продуктов, Технология производства продуктов и т.д.

Выпускники Костанайского регионального университета имени А.Байтурсынова известны во всей республике как высококвалифицированные специалисты, сильные лидеры, творческие личности, способные к постоянному самообразованию и саморазвитию.

Быть студентом Костанайского регионального университета им. А.Байтурсынова – почетно и ответственно. Большие перспективы открываются перед Вами. Вы будете учиться по новым образовательным программам, разработанным совместно с ведущими экспертами, осуществлять научные, опытно-конструкторские исследования под руководством опытных ученых, участвовать в грандиозных молодёжных проектах и внедрять их в реальную жизнь.