В университете функционирует диссертационный совет по защите диссертационных работ докторантов PhD.
Функционирует межвузовская военная кафедра, занимающаяся подготовкой офицеров запаса из числа студентов вузов Западного Казахстана. На военно-медицинском факультете обучаются будущие военные врачи.
ЗКГМУ им. Марата Оспанова осуществляет сотрудничество в области медицинской науки, образования и практического здравоохранения с 45 ведущими зарубежными вузами на основе заключенных меморандумов о взаимоотношении, договоров, соглашений о международном сотрудничестве, число которых с каждым годом увеличивается. Реализуется программа академической мобильности студентов и ППС.
Вуз сотрудничает с Ассоциацией медицинского образования в Европе (AMЕE), Ассоциацией медицинских школ в Европе (AMSE), включен в директорий медицинских школ Всемирной организации здравоохранения (World Directory of Medical Schools, WHO), в Международный справочник университетов ЮНЕСКО (International Handbook of Universities, UNESCO).
Стратегическим партнером университета является Медицинский университет им. К.Марцинковского (Польша). В рамках сотрудничества, ведущие сотрудники вуза-стратег партнера работают в качестве топ-менеджеров и ППС.
За годы своего существования вуз подготовил более 25 тысяч молодых специалистов в области высшего и послевузовского медицинского образования.
Воспитанники университета возглавляют учебные и научные коллективы многих вузов и НИИ Казахстана, успешно работают в странах ближнего и дальнего зарубежья.