В ходе официального визита президента Республики Казахстан Нурсултана Назарбаева в Арабскую Республику Египет в 1993 году были достигнуты договорённости об открытии совместного, казахстанско-египетского исламского высшего учебного заведения под названием «Египетский университет исламской культуры „Нур-Мубарак“» (араб. الجامعة المصرية للثقافة الإسلامية «نور مبارك»‎, каз. «Нұр-Мүбарак» Египет ислам мәдениеті университеті). Под строительство университета в городе Алма-Ата был выделен участок площадью в 6 гектаров. 16 мая 1993 года президент Нурсултан Назарбаев и министр вакуфов Египта Мухаммед аль-Махджуб в торжественной обстановке заложили первый камень будущего университетского городка.
29 сентября 2010 года университету была выдана государственная лицензия № 0137466 без ограничения срока на право преподавания в сфере высшего и профессионального образования.
После утверждения государственного стандарта по профессии «Исламоведение», стали выделяться гранты на бесплатное обучение в этом вузе: 100 грантов в 2011 году, 128 в 2012 году, 150 в 2013 году, 200 грантов в 2014 году.
По данным Агентства по делам религий Казахстана, в период между 2004 и 2011 годами университет окончили 262 студента по профессии «Исламоведение». Из них 163, то есть 62,2 % стали имамами, а 37 выпускников (14,1 %) стали преподавателями в казахстанских медресе.