КИМЭП был основан в 1992 году указом первого Президента Республики Казахстан Назарбаева. Институт расположен в юго-восточной части Алма-Аты на территории бывшей высшей партийной школы ЦК Компартии Казахстана. КИМЭП — один из первых вузов, появившихся на территории бывшего Советского Союза. Первым исполнительным директором института Назарбаев назначил своего бывшего советника по экономическим вопросам Пан Чханъёна. В 1992 году были открыты первые программы — «Магистр делового администрирования» и «Магистр гуманитарных наук в области экономики», а в 1993 году был открыт набор на программу «Магистр государственного управления». Первый выпуск, состоящий из 81 слушателя программ «Магистр делового управления» и «Магистр гуманитарных наук в области экономики» состоялся в 1994 году.